Muundo wa Wizara ya Maji Nishati na Madini utaongozwa na Mh. Waziri wa Maji Nishati na Madini. Katika ngazi ya kiutendaji Wizara itaongozwa na Katibu Mkuu anaesimamia Idara nne (4) na Ofisi Kuu moja-Pemba na Vitengo sita (6) vinavyoripoti moja kwa moja kwa Katibu Mkuu. Aidha, Wizara ya Maji Nishati na Madini ina jumla ya Taasisi nne (4) zinazojitegemea, mchanganuo wa Idara, Ofisi, vitengo na Taasisi Zinazojitegemea ni kama ifuatavyo:-